O MPF pediu, ainda, a não realização das obras que impliquem alteração do solo de localidades protegidas por tombamento, sem a prévia realização de estudos arqueológicos e sem a respectiva autorização do Iphan.
Segundo o procurador da República, Samir Nachef, a Embasa contratou o Centro de Estudos das Ciências Humanas Sociedade para realizar estudos arqueológicos no subsolo a fim de preservar o acervo da região, antes que fossem inciadas as obras. No entanto, a Embasa não seguiu o cronograma de investigações arqueológicas prévias e deu início às obras antes que o Cech e o Iphan autorizassem.
De acordo com as investigações do MPF, os técnicos do centro constataram que materiais arqueológicos foram jogados fora durante a realização das obras. O Iphan notificou a Embasa sobre irregularidades na execução das obras, mas a empresa seguiu "desrespeitando a necessidade dos estudos prévios de arqueologia".